AYUDA A COMUNIDADES MARGINADAS: Este programa se ejecuta a nivel nacional con la finalidad de atender las necesidades comunitarias relacionadas a equipos, herramientas, vehículos, así como insumos en general.

FIS – PRODEA: Hace especial énfasis en la atención comunitaria a zonas remotas o de difícil acceso en la vertiente atlántica del país, específicamente en las provincias de Coclé, Costa Arriba y Costa Abajo de Colón y la parte norte de  Veraguas. Se concentra en proyectos de granjas sostenibles, herramientas, reforestación, seminarios, material didáctico, bombas, granos básicos, hortícultura y ganado porcino.

MITIGACION DE DESASTRE: La geografía nacional presenta condiciones de pluviosidad alta. Lo anterior implica que cada año se presentan condiciones climáticas que tienden a vulnerar a grupos marginados cuyas viviendas y cultivos son afectados por inundaciones. A través de este programa se le da atención de comunidades vulneradas por desastres naturales.

PROGRAMA DE NUTRICION: Ofrece un almuerzo diario en las escuelas públicas con el objetivo de mejorar las condiciones nutricionales de los escolares y disminuir gradualmente las altas tasas de morbilidad y mortalidad, así como elevar el nivel de escolaridad en las áreas de influencia del proyecto. Se benefician más de 172 mil 282 estudiantes en todo el país.

PROMOCIÓN A LA CULTURA y EL DEPORTE: Está orientado a fortalecer las actividades deportivas a nivel nacional como una medida para reducir o mitigar los efectos de la delincuencia juvenil, y desde luego para mejorar la calidad de vida de la jóvenes. Lo anterior se ha logrado mediante el mejoramiento, rehabilitación y construcción de infraestructura deportiva, así como la entrega de insumos deportivos.

PROGRAMA NUEVO COLÓN: Se desarrolla mediante FIDECO (Fideicomiso para el Desarrollo de Colón), con los dineros provenientes de los acuerdos entre el Estado y los puertos Manzanillo International Terminal, Colon Container Terminal y Zona Libre de Colón. De esta manera, se ejecutan proyectos viales como caminos, calles y carreteras; salubridad, seguridad pública; vivienda; educación; cultura y fortalecimiento institucional.Tiene la finalidad de crear las infraestructuras básicas para mejorar el nivel de vida de la población  y brindar mejor atención y seguridad a los visitantes nacionales y extranjeros a la costa atlántica.

PROAGO: Está orientado a incrementar las oportunidades de negocios rurales en comunidades marginadas mediante la asignación de fondos a cooperativas y a organizaciones de productores debidamente constituidas.

BANCO MUNDIAL BASICA II (financiero): Se enfoca en la construcción, reparación y rehabilitación de escuelas en el país mediante diagnósticos desarrollados con técnicas de planificación participativa, en los cuales el Ministerio de Educación actúa como actor fundamental de proceso.

PROYECTOS SOCIALES: Tiene como finalidad el desarrollo de proyectos sociales y el suministro de insumos en general como respuesta a las necesidades identificadas a nivel nacional. De igual forma se brinda respuesta adecuada y expedita a los problemas que le son presentados al Excelentísimo Señor Presidente durante las giras de trabajo que realiza a nivel nacional.

INFRAESTRUCTURA SOCIAL: Dirigido al financiamiento de obras de infraestructura social del país y tiene como objetivo la ejecución de proyectos originados de solicitudes espontáneas de grupos marginados que organizadamente presentan sus necesidades en las oficinas del FIS.

PROGRAMA NGÖBE BUGLÉ (FIDA 580 PA): Se desarrolla con fondos provenientes de un Préstamo con el FIDA y está dirigido especialmente para atender las necesidades de los moradores de las comunidades ubicadas dentro de la Comarca Ngöbe Buglé. Mediante este programa, se lleva a cabo la construcción y rehabilitación de obras de infraestructura social, capacitación y asistencia técnica.

JUNTA ASESORA DEL PRESIDENTE PARA ASUNTOS DE COLON (JAPAC): El programa está orientado a reducir los altos índices de criminalidad, desempleo y pobreza que prevalecen en la provincia de Colón. Los índices sociales de esta provincia revelan una profunda desigualdad económica que obliga la implementación de medidas especiales, tal como reducir el desequilibrio social mediante proyectos sociales. Su énfasis es en la Ciudad de Colón. Un porcentaje significativo de los fondos de este programa provienen de la Zona Libre de Colón y está dirigido al apoyo de becas, construcción y reparación de infraestructuras sociales.

FIS – MOP (financiero): Se desarrolla con presupuesto del MOP amparado bajo un convenio realizado con el FIS y está dirigido, especialmente, a la rehabilitación y construcción de caminos, calles y puentes en diferentes puntos del país. Los proyectos que se plantean en este programa son identificados, formulados y evaluados por el Ministerio de Obras Públicas, empleando al FIS como organismo ejecutor en el proceso de licitación de los mismos.

CONSTRUCCIÓN DE VIVIENDAS: Está orientado a mejorar la calidad de vida de familias desfavorecidas y en condiciones de pobreza y pobreza extrema mediante un proceso de Mejoramiento del Hogar y promover un modelo innovador de intervención multi-sectorial entre los sectores público, privado y la sociedad civil. El mismo es ejecutado por el FIS en coordinación con el Ministerio de Vivienda.

BID CUENCA: Programa dirigido al desarrollo de proyectos en comunidades marginadas ubicados dentro de la Cuenca del Canal de Panamá.

SENAPAN: Este es un programa que tiene como objetivo reducir los niveles de pobreza a nivel nacional mediante la entrega de bonos que permitan garantizar a familias en condición de extrema pobreza, al menos, el sustento mínimo mientras se les orienta para lograr su integración en el sector productivo del país.